Los análisis a nivel de microbiota bacteriana son cada día más frecuentes. La microbiota instestinal se define como un conjunto de microorganismos vivos que intervienen en funciones metabólicas o nutricionales así como tróficas y de protección.
Normalmente se parte de muestras biológicas y se determina si existe un desequilibrio en la microbiota o (disbiosis) que afectará a funciones metabólicas o de proliferación de patógenos oportunistas al no existir otras bacterias que lo eviten. Esto puede ocurrir al ingerir antibióticos, por stress, ingesta de mucho alcohol, infecciones de parásitos, tratamientos con quimioterápia, tratamientos hormonales, excesos de edulcorantes, azucares, grasas.