En conveniente que sea el especialista quien nos guie paso a paso en qué tipos de pruebas aplicar en cada circunstancia (habitualmente se estudian anormalidades cromosómica y síndrome X Fragil). Así dependiendo del laboratorio tendremos varias opciones.
Esto es debido a que, aunque las pruebas genéticas iniciales para los trastornos del espectro autista no encuentran cambios genéticos en el individuo, puede existir una explicación genética igualmente.
Es muy común o bien realizar un estudio mediante microarrays de CGH o sino mediante exomas y paneles dirigidos adaptados a los principales genes relacionados con el autismo.