La secuenciación de genoma completo (WGS) consiste en la aplicación de la más alta tecnología del mercado para determinar las variantes genéticas, tanto intrónicas como exónicas, a lo largo de todo el genoma, que puedan estar implicadas en el desarrollo de una patología.

Para ello se utiliza una muestra de saliva recolectada mediante tubo Oragene 600, a partir de la cual se extrae el ADN, se lleva a cabo la preparación de librerías mediante el Kit DNA Prep / DNA PCR-Free Prep siguiendo las instrucciones del fabricante. Finalmente se realiza la secuenciación de genoma completo en equipo de secuenciación con una cobertura promedio de 50x.

El siguiente paso es el análisis secundario, mediante la aplicación de un sotfware específico donde se obtiene el mapeo y el llamado de variantes respecto al genoma de referencia GRCh38.

Por último, se lleva a cabo el filtrado, anotación y priorización de variantes (análisis terciario) mediante software comercial y propio del laboratorio y la consulta de las bases de datos:

CADD: (https://cadd.gs.washington.edu/);

ClinVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/);

Decipher: https://decipher.sanger.ac.uk/;

Ensembl: https://www.ensembl.org/;

UCSC: https://genome.ucsc.edu/;

NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/;

gnomAD: https://gnomad.broadinstitute.org/;

HGMD Profesional: https://portal.biobase-international.com;

HPO: https://hpo.jax.org/app/;

LOVD: https://www.lovd.nl/;

OMIM: https://www.omim.org/;

Pfam: https://pfam.xfam.org/;

En caso de solicitud por parte de investigadores, se puede adaptar cualquiera de los procesos en base a las necesidades de cada Proyecto segun petición en nuestro formulario de www.testgeneticos.es

Ventajas sobre la secuenciación de exomas 

La secuenciación de genoma completo (WGS) ofrece una serie de ventajas sobre la secuenciación de exomas (WES).

• Mayor rendimiento e incremento en la tasa de diagnóstico.
• Ampliación del estudio a regiones intrónicas, promotores, potenciadores y terminadores.
• Incluye el genoma mitocondrial.
• Cobertura homogénea (50x) a lo largo de todo el genoma.
• Posibilidad de análisis de CNVs, variantes estructurales y expansiones de repeticiones.
• Posibilidad de actualizaciones futuras en base a la evidencia científica de cada momento.
• Prueba única, individual y para toda la vida. No es necesario repetir la prueba en el futuro.
• Acceso a los datos de secuenciación por parte del paciente para futuros re-análisis.
• Coste similar.

Ventajas a nivel clínico 

– Capacidad de ir más allá, en aquellos casos en los que no se haya detectado la causa, con la secuenciación de paneles o de exoma, se puede ampliar el estudio y llegar a un diagnóstico más preciso.

– Incluye el perfil farmacogenético

– Permite la determinación de hallazgos secundarios, pudiendo anticipar el desarrollo de la patología.

– Posibilidad de determinar el estado de portador del paciente.

– Posibilidad de actualización constante.

– Estudio bajo prescripción médica.

– Posibilidad de almacenaje y total disponibilidad de la secuencia genómica a merced de cuando el paciente lo considere.