Secuenciación por Sanger

Es un método enzimático que permite determinar la secuencia del molde (ADN de cadena sencilla) a medida que se sintetiza su hebra complementaria habitualmente usando la tecnología de electroforesis capilar con dinucleótidos marcados con fluorescencia. Proporciona resolución  para detectar variantes genéticas de pequeño tamaño pero tiene la limitación de solo poder realizar 96 o 384 reacciones en paralelo por lo que puede ser lenta y encarecer el coste de la técnica en ocasiones.

La técnica fue descubierta por uno de los pioneros en la secuenciación de ADN Frederik Sanger en 1975. Es importante reseñar que sirvió de base para poder evolucionar a lo largo de todos estos años a tecnologías más complejas como la actual NGS (Next generation sequencing) .

 

¿ En qué consiste la técnica?

 

Para la secuenciación por sanger  necesitaremos una plantilla de ADN a copiar ,un primer para empezar la copia, DNA polimerasa para hacer la copia y ddNTPs que añadir al primer.  Así se realizan cuatro reacciones separadas, cada una con un ddNTP distinto y marcado (ddATP, ddCTP, ddGTP, ddTTP). Esto origina una secuencia que es complementaria a la plantilla de la longitud que queramos según el número de reacciones que hagamos.

La secuenciación Sanger se utiliza habitualmente en proyectos donde únicamente se necesita obtener la secuencia de fragmentos concretos o para la confirmación de regiones específicas o variaciones genéticas concretas de interés en proyectos de secuenciación masiva o genotipado. El incoveniente que tiene es que es locus específica, (puede no detectar variantes estructurales, deleciones o duplicaciones).

 

¿ Qué es la pirosecuenciación?

 

Es la primera alternativa al método de Sanger convencional y se fundamente  en la detección de pirofosfato durante la síntesis de ADN mediante un método bioluminiscente no electroforético usando diferente reacciones enzimáticas.  En este caso la técnica no requiere de  primers y nucleótidos marcados . Se podría decir que es más económica, rápida y en tiempo real a nivel cuantitativo a diferencia de la secuenciación por sanger. Eso sí como desventaja tiene la limitación que no puede generar secuencias muy largas o medir homopolímros (secuencias de varios nucleótidos iguales)

Entre las muchas aplicaciones podemos destacar el  análisis de SNP ( Polimorfismos de Nucleótido Único), identificación de bacterias, secuenciación de algunos genomas completos, tipificación de virus, detección y cuantificación de inserciones-deleciones (indels) y mutaciones desconocidas, cuantificación de frecuencias alélicas, Cuantificación de niveles de metilación de ADN, Secuenciación de novo de fragmentos cortos de ADN…

 

¿ Qué laboratorios ofrecen servicios de secuenciación por sanger?

 

Debido a la antigüedad de la técnica muchos de los laboratorios de genética actualmente cuentan con la posibilidad  de ofrecer este servicio. Por lo que será importante poder establecer parámetro clave como tiempo de respuesta, coste o estas buscando externalizar este servicio en testgeneticos.es ponemos a tu disposición la posibilidad de solicitar  a diferentes laboratorios en un solo click asesoramiento genético  y costes para que tú mismo valores entre diferentes opciones.

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